Si no se maneja apropiadamente, el estiércol del ganado puede contaminar el agua superficial y el agua subterránea. Debajo se enlistan los problemas que podrían desencadenarse como resultado de la contaminación.
El reciclaje se presenta cuando los microorganismos del suelo descomponen
el estiércol en compuestos más sencillos, más estables, liberando nutrientes
utilizados por las plantas. El estiércol es más comúnmente utilizado como fertilizante
y como acondicionador
del suelo. Cuando el estiércol es dispersado ampliamente, como en los sistemas
de pastoreo
abierto, el suelo puede reciclar los nutrientes localmente. Sin embargo,
cuando cantidades grandes de estiércol son depositadas en áreas pequeñas, como
en sistemas de confinamiento, el estiércol debe de ser recolectado y transportado
a los campos de cultivo en donde es esparcido como fertilizante sobre áreas
grandes. Se debe de tener cuidado de no sobreaplicar
estiércol mas alla de lo que el suelo y
los cultivos puedan manejar.
La aplicación del estiércol del ganado en los campos de cultivo requiere de mano de obra intensa y se dificulta durante períodos cuando la tierra está congelada, cuando los cultivos están en ciertas etapas de crecimiento, y cuando el clima o el calendario de trabajo no lo permitan. Las instalaciones de almacenamiento a menudo son construidas para permitir que los productores esperen hasta que las condiciones sean buenas para la aplicación y cuando los nutrientes puedan ser utilizados por los cultivos más eficazmente. El estiércol podría perder algo de su valor nutricional durante el almacenamiento y durante la aplicacion sobre la tierra.
Los reglamentos ambientales estatales requieren a menudo que las instalaciones de almacenamiento sean construidas y mantenidas para empresas ganaderas cerradas. En esos casos, se debe de adquirir un permiso antes de construir el almacén para asegurar que el diseño de la estructura llene los estándares requeridos. Fondos de costo compartido a veces estan disponibles para ayudar a cubrir el costo de las instalaciones para el almacenamiento de estiércol.
Aún cuando los almacenes podrían ayudar a prevenir la contaminación del agua al permitir que se lleve a cabo la aplicación en el campo en momentos óptimos, todavía se debe de tener cuidado de que los almacenes estén ubicados, instalados, y mantenidos cuidadosamente de manera que el sudamiento y el escurrimiento desde los almacenes no entren al agua subterránea o al agua superficial.
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