目标
中美生态合作伙伴项目的主要目标是：向中美两国的政府、商界，以及学术界的领导者们提供最新的关于环境可持续发展领域的政策导向，使生态系统管理能在技术、科学、经济以及社会层面解决环境问题，并在可持续生产生物质（食物、纤维、饲料、燃料）的基础上，减少温室气体排放并封存碳。
该项目的第二目标是:
- 借助普渡项目组六个成员机构的独特研究与教育资源，发展有效的学术培训项目
- 通过各类社会、文化和学术活动增进中美两国科学家以及学生之间的互信与理解
- 加强中美两国的研究合作，使之共同应对可持续发展方面的技术挑战
- 聚集主要政府部门、非政府机构以及工商业界人士，并由其给出研究方向及技术转让方面的宝贵建议及指导
项目
中美生态合作伙伴项目将中美高层决策者与科学家联系起来，使后者在环境可持续发展方面的研究活动能始终致力于解决两国共有的重要问题。该项目的科学家们会参与访问教研项目、专业研讨会以及相关年会等活动，并发表相关政策简讯、白皮书，以及有同行评议的期刊文章等。该项目的咨询建议委员会、两国的商务委员会，以及六个合作成员机构的教授和管理层将共同提出项目的研究主题及相关政策问题。该项目将通过以下活动来达到目标:
- 项目盛大年会：中美生态合作伙伴项目将召开一年一度的盛大年会来发表研究项目成果、政策简讯，探讨问题优化解决方案，探索新的研究和政策方向，并开展文化交流。年会由中美两国轮流召开，并根据举办国家由一个项目组相应的中方或美方机构组织。各项目组的咨询建议委员会及商务委员会也会在年会上相聚。
- 项目组管理团队及专题研讨会：项目组管理团队会向专题研讨会提供科学及政策方面的信息。每场研讨会后将由白皮书或政策简讯总结研讨会成果，另也可有同行评议的杂志或特刊发表供广大研究群体参考。
- 教授及学生交流项目：中美生态合作伙伴项目的成员机构将签署协议并执行中美师生交流项目（其中教授可在假期进行交流，而学生则通过海外学习机会或实验室访问学者项目开展交流活动）。